微生物实验室一般包括：准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、天平室、纯水室、检测室、菌种室、贮藏室等。微生物实验室根据工作领域（食品、药品、医疗等）和性质（教学、生产、研究、监测等）的不同，实验室组成和规模有很大差别。
一、微生物实验室平面布局
微生物实验室应设置成独立的区域，与其他实验室分开，门口设有门禁，非相关人员不得进入，各室根据工作内容合理布局，既方便工作又不互相影响。入口处设置集中式更衣间，培养室根据培养条件和种类不同可设置多间（如霉菌培养室、细菌培养室、固体培养、液体培养等）。
洁净实验室：自成一区，安排在实验室的靠边角落处，用密封门限制人员的进出，把有洁净要求的房间设置在人员干扰少的地方，把辅助房间设置在外部。考虑微生物试验操作流程，把检测室与洗刷消毒室和培养室相邻，方便人流与物流的分离。为控制人员的出入（人流），只设有一个密封门进入微生物实验室主洁净区，操作人员进入物流走廊然后进入准备间，并从准备间分别经过一更、缓冲进入操作区；经过更衣、风淋、缓冲进入局部百级实验室。物流则由传递窗实现。排风口装有高效过滤器，送风口装有高效过滤静压箱，室内送排风采用上送下排方式，室内排风单侧布置，不得有障碍。余压阀自动调节室内压力，保持正压洁净状态。
二、实验室设计与装修
1、必须为实验室安全运行、清洁和维护提供足够的空间。
2、实验室墙壁、天花板和地板应当光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和消毒剂的腐蚀。地板应当防滑。
3、实验台面应是防水的，并可耐消毒剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度的作用。
4、应保证实验室内所有活动的照明，避免不必要的反光和闪光。
5、实验室器具应当坚固耐用，在实验台、柜和其他设备之间及其下面要保证有足够的空间以便进行清洁。
6、应当有足够的储存空间来摆放随时使用的物品，在实验室的工作区外还应当提供另外的可长期使用的储存间。
7、应当为安全操作及储存溶剂、压缩气体和液化气提供足够的空间和设施。
8、实验室的门应有可视窗，并达到适当的防火等级，最好能自动关闭。
9、安全系统应当包括消防、应急供电、应急淋浴以及洗眼设施。
10、有可靠和充足的电力供应和应急照明，以保证人员安全离开实验室。
11、设备的设计、建造与安装应便于操作、易于维护、清洁、清除污染和进行质量检验。应尽量避免使用玻璃及其他易碎的物品。
三、微生物实验室常用设备
1、无菌室和超净工作台：是实验室的核心部分，主要为样品提供保护，保证实验结果的准确。无菌室通过空气的净化和空间的消毒为微生物实验提供一个相对无菌的工境。无菌室中的主要设备包括：传递窗，紫外线灯、严格的无菌室装备风室、超净工作台：超净工作台使用简单方便，根据风向分为水平流和垂直流。
2、培养箱：电热恒温培养箱、隔水式恒温培养箱、生化培养箱、恒温恒湿箱、厌氧培养箱、光照培养箱等。
3、干燥箱：电热干燥箱、真空干燥箱。
4、灭菌器：高压蒸汽灭菌锅、干热灭菌器。
5、天平：±0.1mg分析天平、±10mg电子天平。
6、显微镜：生物显微镜、体视显微镜、荧光显微镜、倒置显微镜等。
7、分光光度计：可见分光光度计、紫外分光光度计，用于定量分析。
8、酸度计：用于溶液ph值测定。
9、电导率仪：主要用于测水质。
10、冰箱：低温冰箱、超低温冰箱、普通冰箱、立式冷藏柜等。
11、制冰机。
12、电蒸溜水器、超纯水机。
13、恒温水温浴锅、搅拌机、超声波清洗机、电热板。
14、定氮装置。
15、离心机：低速离心机、台式高速离心机。
16、显微图象分析系统。
17、细菌鉴定系统
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